Comenzó su carrera profesional trabajando para publicaciones destinadas a Reino Unido para, de forma progresiva en los primeros años de la década del noventa, pasar a centrar su trabajo en Estados Unidos.

Suele compaginar trabajos personales y destinados a un público minoritario, generalmente para el sello editorial Vertigo, con trabajos para personajes famosos e icónicos para grandes editoriales, como Arkham Asylum para Batman, una de sus obras más aclamadas.

Gran parte de la fama que Morrison ha alcanzado ha sido gracias a los temas contraculturales tratados en sus obras como las drogas, la imaginación, la metaficción, la fantasía, el sexo, la violencia, y un largo etcétera.

Además, ha realizado el guion de varios videojuegos como Área 51, Predator: Concrete Jungle y Battlestar Galactica.

En esta revista llamó la atención en 1987 con su serie Zenith protagonizada por un particular superhéroe, lo que propiciaría su desembarco en Estados Unidos.