[4]​ Sus primeros trabajos de importancia los realiza para Marvel, concretamente en las colecciones Alpha Flight y Punisher War Journal.

A raíz de esta serie surgen series derivadas creadas por otros dibujantes, en las que Lee colabora en mayor o menor medida.Finalmente Lee se separa de Image, creando en 1992 junto con Brandon Choi el sello conocido como Wildstorm Productions.

El proyecto tiene una duración de un año y tras finalizarse, Lee vuelve a Wildstorm.

En su vuelta a Wildstorm trata de dar un enfoque más serio a los cómics que realizaba, con lo que inicia una colaboración con el guionista Alan Moore, con la que se compromete a publicar la línea America's Best Comics, creada por Moore con bastante éxito de crítica.

Igualmente colabora como portadas para Crisis Infinita y como creativo para el proyecto de realizar un MMORPG ambientando en el universo DC.