Ellis escribió los videojuegos Hostile Waters (2001), Cold Winter (2005) y Dead Space (2008).

Entre otras de sus primeras obras, anecdóticos trabajos con Judge Dredd y el Doctor Who.

Entre los trabajos más notables de esta época se encuentran sus aportaciones a la línea 2099 y en especial su futurístico Doctor Doom, presidente de los Estados Unidos, aunque también es reseñable su colaboración en Excalibur y Thor.

Durante estos años, apenas podía desarrollar sus propias ideas al margen de los superhéroes y los arcos argumentales que ideaba eran a veces terriblemente mutilados con finales precipitados debido a las demandas del mercado.

La historia se volvía a ambientar en un futuro ciberpunk y distópico, donde Ellis podía retomar sus temas de interés con una fuerte carga satírica, muy crítica con numerosos estamentos como la religión, la política o los medios de masas.

Sus personajes adolecían también de una actitud escasamente comprometida, alejada del tópico superheróico.

En 2004 Ellis volvió a los cómics de superhéroes, pero con contratos temporales como en Marvel, donde escribiría para Iron Man y Ultimate Fantastic Four.

[19]​ A mediados de julio de 2020, The Guardian informó que «Ellis respondió a estos relatos con autocompasión y lo que parecía ser contrición genuina.

[...] Ellis insiste en que el problema fue problemas de relación, 'no comportamiento predatorio', pero reconoce que '[h]ay una diferencia de percepción aquí, y la he estado escuchando'.

[15]​ The Hollywood Reporter luego informó que Ellis no volvería a trabajar en Castlevania para las temporadas siguientes y que un cómic de Batman planeado ya no seguiría adelante.