En los siglos siguientes estos obispos fueron reconocidos con el nombre de patriarcas.Los patriarcas presiden el rito de su Iglesia particular en cualquier parte del mundo, pero su autoridad sobre el clero está limita al territorio propio de su Iglesia patriarcal.Los patriarcas son canónicamente elegidos por el sínodo de obispos de una Iglesia patriarcal y deben requerir la comunión eclesial del papa, sin la cual no pueden convocar al sínodo ni ordenar obispos.Un sínodo en Alejandría en 318 la reconoció como sede metropolitana, lo que fue confirmado por el Concilio de Nicea I en 325.Este concilio condenó al patriarca Dióscoro I de Alejandría por sostener la doctrina monofisita de Eutiquio, por lo que fue depuesto y desterrado por el emperador Teodosio II.En 642 se produjo la conquista árabe musulmana de Alejandría, que quedó fuera del Imperio bizantino.[4] Históricamente los coptos católicos surgieron de la acción misionera que en los siglos XVII y XVIII llevaron adelante franciscanos y otras órdenes religiosas sobre los coptos ortodoxos, principalmente en el alto Egipto, iniciándose la misión en 1630.Como vicario patriarcal el obispo Makarios presidió un sínodo católico copto en 1898 que introdujo un número de prácticas latinas en la liturgia, luego cayó en controversias y debió renunciar en 1908.La eparquía de Alejandría de los coptos (Eparchia Alexandrina Coptorum) es la eparquía propia del patriarca, en la cual ejerce los mismos derechos que los demás obispos diocesanos.De acuerdo al Anuario Pontificio 2016 la eparquía tiene 31 parroquias (37 según sitio web del patriarcado) y 36 020 fieles.Dentro del territorio propio de la Iglesia el patriarca puede crear, modificar o suprimir exarcados patriarcales, y nombrar a los exarcas patriarcales, de acuerdo con el sínodo permanente.
Catedral de Nuestra Señora de Egipto, sede del patriarca.
Patriarca Cirilo Makarios con obispos, presbíteros, diácono, subdiácono y acólitos en 1900.
