La eparquía extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito alejandrino copto residentes en las gobernaciones (con los límites previos a los ajustes territoriales de 2014) de: El Cairo, Occidental, Behera, Alejandría, Matrú, Caliubia, Menufia y Kafr el Sheij.
Atanasio fue excomulgado por el patriarca copto ortodoxo, encarcelado por las autoridades y no se le permitió seguir residiendo en Egipto, retornando a la obediencia al patriarca copto.
Las autoridades otomanas no reconocieron a la nueva Iglesia, y el patriarca copto ortodoxo siguió como cabeza civil y religiosa de todos los cristianos coptos.
En Roma el egipcio Rafael Tuki fue consagrado obispo titular y supervisó la impresión de los libros litúrgicos coptos: misal en 1746, salmos en 1749, breviario en 1750, pontifical en 1761, ritual en 1763, y Theotokiæ en 1764.
Su jurisdicción inicial fue sobre el bajo Egipto y El Cairo, desde el mar Mediterráneo al paralelo 30° N (Guiza) y del canal de Suez a los límites de Tripolitania.