En 1990 se unió al Frente Patriótico Ruandés, básicamente compuesto por Tutsis, cuando su hermano, coronel de las Fuerzas Armadas Ruandesas fue asesinado, probablemente tras una orden del gobierno Hutu.

Bizimungu, acabó chocando con Kagame después de que las diferencias sobre el gobierno y las políticas públicas fueran creciendo.

Dimitió en marzo de 2000, y Kagame se autoproclamó presidente.

El gobierno lo declaró ilegal casi inmediatamente, bajo la acusación de ser un partido radical Hutu.

Los críticos con el gobierno creen que éste simplemente intenta eliminar figuras de la oposición con el pretexto de que incitan a las tensiones raciales.