El área protegida preserva el sistema serrano homónimo, con sus valores históricos, culturales y ecológicos.La sierra de Lihué Calel tiene áreas más húmedas, por la impermeabilidad del suelo; hay pequeños arroyos estacionales de otoño-primavera, que infiltran en los suelos arenosos.En los roquedales aparece una flora más húmeda: helechos, claveles del aire (epifitas sobre piedras), y varias cactáceas como la puelchana (Cylindropuntia tunicata), la puelchana ha tenido tal transformación que sus antiguas púas hoy llegan a recordar a cabellos) y los cardones, pencas y las "traicioneras" (especie de cactáceas con espinas muy agresivas).En las paredes rocosas hay líquenes en figuras circulares amarillas, anaranjadas y negruzcas.Aves: martinetas, gallitos copetones, halconcitos grises, cardenales amarillos (en riesgo de extinción por capturas para comercializar como animal doméstico), buteos, jotes, caranchos, chimangos, calandrias, choiques ("ñandúes del sur") y ocasionalmente cóndores.Cuando maduran los frutos del caldén, llegan bandadas de loros barranqueros para comer sus semillas.El tuco-tuco y armadillos como el piche, habitan en cuevas para escapar a las altas temperaturas.A fines del siglo XIX, la ocupación "blanca" de estos territorios se inicia aquí, al reparo de las sierras, donde hay agua dulce, y alguna posibilidad sembrar y cosechar, construir casas de piedra y tener animales en las áreas más adecuadas.El pueblo más cercano es Puelches, a 39 km del parque nacional.
Arte rupestre en el valle de las Pinturas.
Uno de los circuitos con los que cuenta el Parque, camino a las pinturas rupestres
