Paolo se refugió en Perugia en un primer momento, trasladándose luego a Città di Castello.

En 1492 recibe el perdón papal por parte de Alejandro VI.

Desde 1494 se encuentra a servicio de los franceses, junto a sus hermanos Camillo y Vitellozzo, y parte para Génova, donde recibe el encargo de sustituir a la familia Adorno por la familia Fregoso en el gobierno de la ciudad.

Reclamado nuevamente, acude al mando de quinientos infantes a asediar diversos enclaves toscanos, como Valiano y Monteleone d'Orvieto.

Se suceden así varios años en los que Paolo se encuentra al servicio de Florencia, guerreando constantemente y asediando numerosas localidades de toda la Toscana, como Buti, Vicopisano, Ripafratta, y Calci.