En 1538 el papa Paulo III Farnese decidió la remodelación de todo el complejo, confiando el proyecto y las obras a Miguel Ángel.
Delante de la Cordonata Capitolina se colocó una amplia fuente coronada por un grupo escultórico compuesto por la estatua de Minerva sentada, situada en el centro y transformada posteriormente en la Diosa Roma, y por las colosales estatuas que representan al río Nilo, a la izquierda del observador, y el río Tíber, a la derecha (viniendo del templo de Serapide en el Quirinal).
En esta torre se situaba la campana patarina, traída a Roma en 1200 de Viterbo, que se utilizaba para convocar los consejos comunales o para llamar a reunión al pueblo en ocasión de eventos extraordinarios.
Recientemente, en una sala del palacio se encontraron frescos que datan de los años veinte o treinta del siglo XIV, que habían estado escondidos durante mucho tiempo y fueron dañados varias veces a lo largo de los siglos.
Esto, sin embargo, hizo atrasar la datación la obra a finales del siglo XIII, al período entre 1288 y 1297.