Secuencia palindrómica

Puesto que una doble hélice está formada por dos hebras pares de nucleótidos que corren en direcciones opuestas en el sentido de 5' a 3' y los nucleótidos par siempre de la misma manera (adenina (A) con timina (T) para el ADN, con uracilo (U) por ARN; Citosina (C) con guanina (G)), una secuencia de nucleótidos (monocatenario) se dice que es un palíndromo si es igual a su complemento inversa.

Por ejemplo, la secuencia de ADN ACCTAGGT es palindrómica porque su complemento del nucleótido-por-nucleótido es TGGATCCA, e invirtiendo el orden de los nucleótidos en el complemento da la secuencia original.

Han sido investigado especialmente en los cromosomas bacterianos y en los llamados «elementos mosaico dispersos bacterianos» (BIMEs, del inglés Bacterial Interspersed Mosaic Elements), dispersas sobre ellos.

Si el filamento de la DNA se volca, las secuencias son exactamente iguales (5' GAATTC-3' y 3'-CTTAAG-5').

[cita requerida] Estos son los sitios donde un grupo metilo puede acoplarse a la secuencia palindrómica.