Su gobierno, abiertamente separatista con respecto al aparato estatal de España, tuvo que enfrentar la invasión que el virrey Abascal mandó a realizar desde Talcahuano, desencadenando así la Guerra por la Independencia de Chile.
[8] En el periodo de la Reconquista española, su labor como guerrillero, espía y principal figura de la resistencia independentista en Chile lo transformó en mito y leyenda popular.
En 1801 regresó a Chile y se radicó en su hacienda de San José de Las Canteras, recibida en herencia, y se dedicó a las labores agrícolas.
[11] Más tarde se convirtió en militar sin formación.
Reasumió nuevamente, el 14 de abril del mismo.
[11] También dispuso la creación de la bandera chilena y el himno nacional actuales.
Debido a esta situación, disminuyó su respaldo político a su gestión, y para evitar un enfrentamiento mayor, abdicó el 28 de enero de 1823 y se fue exiliado a Lima (Perú), donde el Estado peruano le otorgó una hacienda en la que pasó sus últimos días.