Durante la asamblea nacional de Hatvan en 1525 la baja nobleza quería que Pablo fuese electo canciller, pero el rey no cumplió con esta petición.
En 1527 el rey Juan I de Hungría se vio forzado a escapar a Polonia, pues Fernando I de Habsburgo, hermano menor del emperador Carlos V reclamaba el trono húngaro para sí mismo a través de los derechos matrimoniales con Ana Jagellón de Hungría y Bohemia, hermana del fallecido Luis II.
Sus ejércitos habían invadido los suelos húngaros, y Juan I escapó a la corte del rey polaco Segismundo I Jagellón el Viejo, quien había estado casado con su hermana Bárbara de Zápolya una década antes.
De esta manera, desde 1542 se convirtió en regente real, y conservó su puesto arzobispal durante las siguientes décadas caracterizadas por tensión política entre Juan I y Fernando, pues pronto de Zápolya regresó a Hungría y gobernó hasta su muerte.
El arzobispo Pablo Várdai murió en 1549 en la ciudad húngara de Pozsony.