Durante su voluntariado como asistente en el laboratorio del psicólogo alemán Carl Stumpf (1848-1936), Pfungst investigaría el caso del caballo Clever Hans, aparentemente capaz de solucionar una amplia serie de problemas aritméticos y juegos planteados por su propietario.
Tras la realización de una investigación formal en 1907, Pfungst demostraría que el caballo en realidad no realizaba tales tareas intelectuales; estas, por el contrario, se encontraban condicionadas por la reacción de sus observadores humanos.
Aunque Pfungst publicó los resultados de su investigación en 1907, como Das Pferd des Herrn von Osten, no sería hasta su traducción posterior y publicación en inglés en 1911 que se diera a conocer su importante obra.
En honor al estudio de Pfungst, esta anomalía es conocida desde entonces como el efecto Clever Hans, resultando de gran importancia en el conocimiento sobre los efectos del observador y en estudios posteriores sobre cognición animal.
Según Zusne (1984), Pfungst publicaría tan sólo «unos quince títulos» en toda su carrera.