Las cuatro basílicas fueron declaradas durante el episcopado de Ramón del Hoyo López.

La basílica de San Ildefonso fue declarada por Su Santidad el papa Benedicto XVI en 2010.

Resultó muy dañada durante la guerra civil española y su posterior restauración.

El Palacio Episcopal está construido sobre un edificio del siglo XV reformado en los años 1980, y mantiene la fachada original.

Presenta un estilo ecléctico historicista, con elementos bizantinos, góticos y renacentistas repartidos por el edificio.

En la ciudad romana de Iliturgi hubo una iglesia construida en el siglo VII por el rey visigodo Sisebuto sobre el sepulcro del santo.

Fue destruida en el siglo VIII durante la conquista musulmana de la península ibérica.

Fue suprimida en torno al año 400 y traslada a la diócesis de Beatia, en la actual Baeza.

Hay pocos vestigios de la diócesis bajo dominación árabe, durante la cual, sin embargo, sobrevivió una comunidad cristiana.

El papa Gregorio IX tuvo que intervenir varias veces para calmar los ánimos y restablecer la integridad de la diócesis.

En 1246 los cristianos reconquistaron la ciudad de Jaén y el obispo Domingo también participó en su liberación.

Tras su muerte, la sede episcopal fue trasladada con la aprobación del papa Inocencio IV a Jaén, que en época árabe se había convertido en un importante centro administrativo para toda la región y por motivos de su situación estratégica, beneficiaba en la reconquista.

Tanto Baeza, restaurada como diócesis en 1227, como Jaén, fueron reconquistadas por Fernando III, aunque entonces la demarcación diocesana se reducía al territorio conquistado.

Hacia mediados del siglo XVII, el obispo Fernando de Andrade y Castro estableció en Baeza el seminario diocesano, dedicado a san Felipe Neri, y en 1660 consagró la catedral de Jaén.

Así se cumplió el deseo expresado en el artículo 9.º del Concordato de 1953.

[13]​ Desde que se instauró la diócesis en 1249 siendo papa Inocencio IV han pasado un total de 70 obispos.

Además, según estadísticas oficiales, 12 seminaristas estudian en el Seminario Mayor diocesano de Jaén durante el curso 2018-2019.

Sus restos fueron trasladados durante la invasión sarracena y se encuentran en la parroquia de Santa María do Mao, en Incio, Lugo.

Un año después, en 1960 fue recoronada, en desagravio por los sucesos de la Guerra Civil, por el obispo Félix Romero Mengíbar.

[48]​[49]​ En época moderna destaca el beato Manuel Lozano Garrido, conocido como Lolo, y Josefa Segovia Morón, primera directora de la Institución Teresiana, en proceso de beatificación.

Desde 2011 a 2013 se llevó a cabo en la diócesis, por petición de las Esclavas del Divino Corazón, el proceso instructorio diocesano super miro del beato Marcelo Spínola y Maestre, en el que se estudió un posible milagro para su canonización.

Este hecho se acrecentó desde la renovación que supuso para la Iglesia el concilio de Trento.

Por otro lado, Antonio Calderón fue electo arzobispo Granada en 1654, pero falleció antes de su consagración.

También cabe destacar a los sacerdotes miembros de la curia romana Gutierre González Doncel, Alfonso Chacón y Fernando Chica Arellano.