Aunque fue un compositor innovador y bastante popular durante su vida, su música se interpreta o graba raramente hoy día.Es quizá más recordado por haber sido profesor del también organista y compositor Nicolas de Grigny, notable contemporáneo de François Couperin.Lebègue escribió en los ocho modos eclesiásticos, siguiendo la tradición de los maestros del órgano del Renacimiento, como Jean Titelouze, pero las obras de Lebègue ya tienden hacia la tonalidad moderna.Cultivó los tipos de piezas clásicas francesas para órgano (Plein jeu, Tierce en taille, Echo, Dessus de Cromhorne, etc.) que son estándar en todos los otros compositores franceses para órgano del período, pero además parece ser un importante eslabón entre los organistas del Renacimiento y Johann Sebastian Bach, que copió a mano el Livre d'Orgue ("Libro para órgano") de De Grigny.Lebègue fue el primer compositor francés en aplicar el término suite a colecciones de danzas para clavecín y uno de los primeros en componer suites para órgano.
