Perteneciente a una familia distinguida, ingresó muy joven al servicio de la Iglesia siendo nombrado subdiácono por Sergio II y diácono por León IV.
Esta postura le llevó a enfrentarse en lo político con el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico y en lo religioso con la Iglesia Oriental.
Su enfrentamiento con el imperio occidental se inicia cuando Lotario II, hijo del emperador Lotario I, quiso separarse de su esposa Teutberga, que no le había dado hijos, para casarse con Waldrada, para lo cual contó con el apoyo del clero episcopal franco que aprobó la anulación matrimonial en los sínodos de Aquisgrán y Metz, celebrados en 862 y 863 respectivamente.
[1] Lotario II, con el respaldo de su hermano y emperador Luis II, se dirige hacia Roma al mando de su ejército y sitia la ciudad hasta que logra llegar a un acuerdo por el que los arzobispos destituidos vuelven a sus sedes aunque sigue sin reconocer como válida la anulación matrimonial de Lotario.
Esta acción junto al hecho de que Nicolás I se entrometiera, enviando sus propios misioneros, en la cristianización de Bulgaria que estaba siendo realizada por los bizantinos, provocó que Focio, apoyado por el emperador Miguel III, en un sínodo celebrado también en el año 867 en Bizancio, excomulgara al papa, aprovechando además para rechazar la inclusión del Filioque en el Credo niceno defendida por la Iglesia Occidental.