El término Navalmoralejo parece que viene de la expresión Las Navas del moro Alejo.

La historia popular cuenta que el pueblo fue creado por un moro desterrado, llamado Alejo, que procedía de un antiguo recinto denominado "Ciudad de Vascos", y que por desavenencias con el "Jefe" o "Jeque" fue desterrado a este lugar, dedicándose al pastoreo y fundando así el pueblo.

La denominación inicial se debe al estar la población situada en una nava que contenía morales o moreras.

El pueblo tuvo su origen en las inmediaciones de una atalaya del tiempo musulmán[cita requerida].

A mediados del siglo XIX, el lugar tenía contabilizada una población de 190 habitantes.