[4]​ A sus miembros se les conoce por el nombre común de mosqueros[5]​ y también atrapamoscas, cazamoscas, mosqueritos o mosquetas.

[6]​ El nombre genérico masculino «Myiophobus» se compone de las palabras del griego «μυια muia, μυιας muias» que significa ‘mosca’, y «φοβος phobos» que significa ‘terror’, ‘miedo’, ‘pánico’.

(2009) presentaron datos genético-moleculares demostrando que el género Myiophobus era altamente polifilético, formado por tres clados que no son ni cercanamente parientes entre sí: Los amplios estudios genético-moleculares realizados por Tello et al.

Según el ordenamiento propuesto, Myiophobus permanece en Tyrannidae, el grupo 3 (M. cryptoxanthus y M. fasciatus), sedis mutabilis (o sea, con ligera incerteza debido a datos no conclusivos) en una subfamilia Fluvicolinae Swainson, 1832-33; el grupo roraimae (compuesto por M. flavicans, M. inornatus, M. phoenicomitra y M. roraimae) en una tribu Fluvicolini Swainson, 1832-33 , junto a Sublegatus, Colorhamphus, Ochthoeca, Silvicultrix, Pyrocephalus, Fluvicola, Arundinicola, Gubernetes, Alectrurus y provisoriamente, Muscipipra.

[15]​ Según las clasificaciones del Congreso Ornitológico Internacional (IOC)[16]​ y Clements Checklist/eBird,[4]​ el género agrupa a las siguientes especies, con el respectivo nombre popular de acuerdo con la Sociedad Española de Ornitología (SEO),[5]​ u otro cuando referenciado: