El museo se encuentra en el Hôtel de Gadagne, un hôtel particulier construido a principios del siglo XVI por los hermanos Pierrevive y alquilado por el comerciante-banquero Thomas II de Gadagne desde 1538.

En el siglo XVIII, el hotel fue dividido en pequeñas viviendas y solo debe su salvación a su compra parcial por la ciudad de Lyon en 1902.

En la actualidad, se accede a la puerta por una rampa coronada por un primer cuerpo de edificios.

La historia de la ciudad se presenta cronológicamente, desde la Antigüedad hasta la actualidad, en 30 salas en las que se presentan objetos, planos, grabados y documentos testigos de las distintas épocas.

[4]​ Las siguientes seis salas siguen en el orden clásico, pero estaba previsto que se reformaran en 2019.