El Museo cuenta actualmente con ocho salas de exposición permanente, de recorrido lineal, y con las estancias del Palacio de los Reyes destinadas a exposiciones temporales o a otras actividades públicas culturales.Su contenido se distribuye en dos secciones que abarcan las dos amplias vertientes temáticas que vienen a coincidir con la denominación originaria que se le aplicó al museo en los tiempos de su fundación: la Arqueología y las Bellas Artes que resumen la historia de la provincia de Huesca desde la prehistoria hasta el siglo XX.La pintura del siglo XV y siglo XVI está representada, entre otras obras, por el tríptico flamenco de La Virgen de la Rosa, destaca también la Virgen del Rosario de Miguel Jiménez y cuatro tablas del maestro de Sijena, obras punteras del renacimiento aragonés.El Museo de Huesca también cuenta con actividades para familias y escolares que lleva a cabo la asociación cultural oscense El Laboratorio del Arte.El museo dispone de una biblioteca que supera los 16.000 volúmenes y 47.000 artículos extraídos de revistas y publicaciones periódicas que abarcan todos los periodos artísticos desde la Prehistoria hasta nuestros días y que ofrece servicio de consulta en sala en las propias instalaciones, así como un servicio de información bibliográfica y de atención a investigadores libre y gratuito previa petición.