En este mismo año el Partido Carlista cedió al Gobierno de Navarra su fondo histórico, documental y artístico para que formara parte del Museo.

[2]​ En 2007 se concluyó el plan director de los contenidos temáticos del mismo.

Regresó a Estella en 1604, donde, entre otros cargos oficiales, fue merino perpetuo de la ciudad y su merindad.

En la fachada, marcada por líneas apaisadas, el sótano se muestra mediante ventanucos rectangulares; la planta baja ofrece grandes ventanas enrejadas, dispuestas en línea con los balcones del primer piso, y la puerta adintelada, solemne por su sobriedad y altura; finalmente, en el piso superior domina el solemne balcón central.

Desarrolla una programación anual de visitas guiadas a su exposición permanente así como visitas guiadas y actividades en torno a sus exposiciones temporales, así como una oferta didáctica para centros escolares, que se completa con talleres para distintos públicos.

Desde 2007 organiza unas Jornadas sobre el Carlismo, cuyas actas son publicadas por el Gobierno de Navarra.

Existe además un folleto de mano en inglés y franćes a disposición del público visitante.