Ha logrado un elevado nivel en la clasificación museológica internacional en su relativamente corta vida.

Posee colecciones que van desde arqueología prehistórica hasta arte contemporáneo, pasando por importantes colecciones de judaica y pintura impresionista, también un dinámico calendario de exhibiciones temporales, publicaciones y actividades educativas.

Por otra parte, el Museo de Israel incluye valiosos artefactos arqueológicos y obras de arte que pertenecen a la cultura universal (y no necesariamente tienen que ver con el judaísmo o con Israel).

Entre ellos se destacan objetos del antiguo Egipto y Mesopotamia, esculturas clásicas, textiles de Marruecos y Afganistán, y obras de arte occidental de maestros tales como Rubens, Goya, José de Ribera, Monet, Van Gogh, Gauguin, Picasso, Paul Klee, Marcel Duchamp, James Ensor, Magritte, Andy Warhol, Fernando Botero y Francis Bacon.

[2]​ Originalmente construida en los terrenos del Hotel Tierra Santa (Jerusalén), la maqueta ha sido incorporada en el conjunto museológico de 81,000 metros cuadrados.