El museo ha sido equipado con tecnología moderna y ofrece una experiencia interactiva sobre la cultura Chancay.
En 1992, un arqueólogo asumió la responsabilidad de la investigación y conservación, elaborando el proyecto de crecimiento institucional del museo y formando la colección propia con donaciones locales.
Se implementó la sala de exposición con piezas arqueológicas y se adquirieron tres planotecas metálicas A0 para asegurar la custodia de archivos y documentos históricos.
Consta de 3 niveles: sótano y dos pisos, así como dos ascensores para que pueda ser visitado por personas con discapacidad.
Destaca el segundo nivel por el homenaje al cuchimilco, Dios protector de la cultura Chancay, y los restos de la Covadonga, entre los que destaca el medallón entregado por el gobierno chileno a esa nave por haber hundido a la fragata Independencia del Perú.