Entre las piezas más importantes que conserva se encuentra una custodia gótica manuelina,[2] datada sobre 1520.Estos espacios acogieron las colecciones textiles y de platería, en los armarios realizados gracias a la donación efectuada por la XII Condesa del Palmar, Josefa Llarena y Cullen tras la muerte de su hijo Pedro Ponte en 1936, según los criterios expositivos imperantes en ese momento.Esta exposición permaneció inalterable hasta el año 2007, año en el que se realizó la nueva instalación, permitiendo la mejora expositiva, incluyendo un nuevo discurso más científico y adecuándolo a las exigencias actuales de los Museos de la Iglesia, sin perder, su concepción original.Toda la colección posee discurso expositivo gracias a una guía de fe, que aglutina y conecta las diferentes tipologías expuestas.En la sacristía mayor, se reubicaron las mejores piezas pictóricas conservadas, disponiendo nuevamente aquellos lienzos que fueron ejecutadas para el citado lugar hacia 1781.Se dispusieron nuevos armarios – vitrinas en la antesala para acoger las piezas textiles más destacadas, con un diseño inspirado en las vitrinas de la sala histórica: los recados bordados, trajes procesionales, ropa blanca, ajuar del obispo Folgueras y Sión, etc.La sala principal, comúnmente conocida como El Tesoro, está cobijada por un magnífico artesonado realizado en castaño, reaprovechado y readaptado de la antigua fábrica parroquial, siendo probablemente la techumbre realizada hacia 1673 por los maestros Pedro Hernández y Simón González para la capilla mayor del citado templo, aunque estudios posteriores lo encuadran con la estética de Antonio de Orbarán (1603-1671), quien trabaja por dichos años en la Villa.Sin duda el ala sur, al cual sumamos el coro, es quien más modifica su fisonomía con la creación del Museo.Desde su concepción ha albergado las andas procesionales y el altar procedente del Convento clariso de San José, así como diferentes elementos de uso litúrgico aprovechando los vanos que otrora fueron alacenas empotradas al muro.El mencionado ajuar formado por una colección de ricos ornamentos litúrgicos que luce en los diferentes retratos que del obispo Folgueras y Sión se conservan en Canarias y Granada, último destino de su pontificado como arzobispo.Entre estas representaciones iconográficas también se exhibe una obra del orotavense Gaspar de Quevedo (1616-1670) sobre La oración en el huerto.
Magdalena penitente, obra de Domenico Fetti
Inmaculada Concepción, de Juan de Miranda
Crucificado, obra de Feliciano de Abreu
Antonio Martínez de la Plaza, atribuido a Luis de la Cruz y Ríos
