Abarca estructuras significativas y una amplia colección de artefactos y materiales escritos, a la vez que organiza excavaciones arqueológicas en el país.
En su origen, el museo se centraba en la cultura e historia del Gran Ducado de Lituania.
Compuesto mayoritariamente de colecciones privadas polacas, fue bastante popular y recibió muchos visitantes.
En 1915, cuando el Frente Oriental de la Primera Guerra Mundial se acercó a Vilna, más colecciones se trasladaron de nuevo a Rusia.
El museo volvió a convertirse en una entidad independiente en 1952 bajo la dirección del historiador Vincas Žilėnas.