El museo está dedicado principalmente al periodo precolombino en el Perú y a la cultura inca.

[9]​ Las ideas para un museo nacional fueron propuestas por primera vez por José de San Martín en 1822 cuando propuso un museo, biblioteca y archivo nacional que se construiría durante la Guerra de Independencia del Perú.

Inicialmente Humala prefirió construir un gran museo en la Amazonia peruana, pero la ministra le insistió en la construcción de este museo, que además decidió que se ubicara en un lugar amplio, escogiendo las afueras de Lima, especialmente la zona sur, zona que en los últimos años se estaba poniendo en valor y donde además se encontraba el Santuario de Pachacamac.

[12]​ La construcción del museo demandó una inversión de S/.150 millones, financiado por el gobierno nacional.

A mitad del 2015, la ministra de cultura anunció que se encuentra listo el expediente técnico, sin embargo, no podría ejecutarse porque debido a que los recursos serán reasignados para enfrentar el fenómeno del Niño.