Destaca por sus piezas de tipo etnográficas y arqueológicas del Chile precolombino, en especial de la cultura arqueológica del Complejo El Vergel, que incluye elementos de la cultura mapuche y premapuche que habitaba en la región, además de especies embalsamadas de la fauna endémica de Chile.

A su vez, se encuentra emplazado dentro del Fundo El Vergel, donde para fines académicos, también opera una escuela agrícola de orientación religiosa metodista.

[1]​ En agosto de 2020, tanto el museo como la escuela agrícola sufrieron el robo de objetos de alto valor económico y patrimonial, entre los que se cuenta la sustracción de joyas mapuches y piedras preciosas, monedas y billetes históricos de la colección de numismática del museo, presuntamente para fines de expoliación.

[2]​ El museo se encuentra dividido en tres salones con diferentes temáticas cada uno.

En la colección de historia natural, se encuentra una serie de objetos petrificados, especies embalsamadas, como aves y sus respectivos huevos, además de humanos momificados, como también una serie de minerales y piedras preciosas, principalmente ágatas.Registro de Museos del Servicio Nacional del Patrimonio Cultural.