Sobrevivieron pese a los persistentes intentos otomanos de derrocar al régimen mameluco y las luchas civiles.
En 1786, el sultán otomano Abdülhamid I envió al Kapudan Pasha (gran almirante de la Armada Otomana) Cezayirli Gazi Hasan Pasha para expulsar a Ibrahim y Murad Bey.
En este momento, Murad Bey sirvió como Amir al-Hajj (Comandante del Hajj).
Mientras Ibrahim Bey huyó hacia el Sinaí, Murad huyó primero a El Cairo y luego al Alto Egipto donde organizó una breve campaña de guerrilleros que detuvo a Desaix durante un año.
Fue mientras perseguían a Murad Bey en el Alto Egipto cuando los franceses descubrieron los monumentos en Dendera, Tebas, Edfu y Philae.