Se usa por vía tópica en la práctica clínica, en forma de ungüentos o cremas, demostrando gran efectividad en el tratamiento de infecciones producidas por cocos grampositivos: S. aureus, otras especies de estafilococos y Streptococcus pyogenes.
Existen formulaciones de uso nasal que permiten la erradicación de estafilococos, incluyendo S. aureus meticilin resistentes (SAMR) en portadores nasales.
[cita requerida] Los efectos adversos que pueden derivarse del uso de mupirocina por vía tópica son poco frecuentes y transitorios.
Entre ellos, se puede mencionar: ardor, escozor, dolor, prurito (picazón) o sarpullido (erupciones en la piel).
[cita requerida] Debido a que para su preparación se usa polietilenglicol como vehículo, no se recomienda su uso en mujeres embarazadas.