La cabecera del municipio es Zoquiapan.

[cita requerida] El topónimo Zoquiapan deriva de las raíces nahuas zóquitl=lodo, atl=agua, y -pan=sobre.

Por lo tanto, puede traducirse aproximadamente como Lugar sobre las aguas lodosas.

Limita al norte con Jonotla; al este, con Cuetzalan del Progreso; al sur, con Nauzontla y Xochitlán de Vicente Suárez; y al poniente, con Zapotitlán de Méndez y Atlequizayán.

Zoquiapan tiene un segundo territorio hacia el norte, el cual limita al este con Ayotoxco de Guerrero.