Su cabecera es la localidad de San Salvador el Seco.

Su altitud fluctúa entre 2 300 y 3 000 metros sobre el nivel del mar.

[1]​ El municipio incluye en su territorio un total de 48 localidades.

Las principales, considerando su población del Censo de 2010 son: El gobierno del municipio de San Salvador el Seco le corresponde al Ayuntamiento que tiene su sede en la cabecera municipal; el ayuntamiento se encuentra conformado por el presidente municipal, un Síndico y el cabildo integrado por nueve regidores, siete electos por el principio de mayoría relativa y dos por el de representación proporcional.

Para su régimen interior, el municipio de San Salvador el Seco cuenta con una junta auxiliar: Santa María Coatepec.