Su cabecera es la localidad de San José Chiapa.

Su altitud fluctúa entre 2 300 y 2 500 metros sobre el nivel del mar.

[1]​ El municipio incluye en su territorio un total de 48 localidades.

Las principales, considerando su población del Censo de 2010 son: El gobierno del municipio de San José Chiapa le corresponde al Ayuntamiento que tiene su sede en la cabecera municipal; el ayuntamiento se encuentra conformado por el presidente municipal, un Síndico y el cabildo integrado por ocho regidores, seis electos por el principio de mayoría relativa y dos por el de representación proporcional.

Todos son electos mediante el voto universal, directo y secreto en un proceso electoral celebrado el primer domingo de junio del año de la elección y que asumen sus cargos el 15 de febrero del siguiente año,[5]​ por un periodo de tres años que no son reeligibles para el inmediato pero si de forma alternada.