El municipio tiene una extensión territorial de 90.036 kilómetros cuadrados y se encuentra a una altitud que oscila entre 0 y los 100 metros sobre el nivel del mar.

El territorio del municipio está conformado por una estrecha barra de tierra que separa la Laguna Inferior del Golfo de Tehuantepec en el Océano Pacífico.

Su territorio es cubierto por el sistema de topoformas de la playa o barra inundable o salina en el 70%, por la llanura costera salina en el 26% y por la llanura costera en el 4% restante.

El tipo de reliee predominante es la planicie o meseta.

[4]​ San Mateo del Mar pertenece a la región hidrológica de Tehuantepec.

El 92% de su superficie es cubierta por la subcuenca de la Laguna superior e inferior, que pertenece a la cuenca homónima; el 8% restante lo abarca la subcuenca del río Bajo Tehuantepec, parte de la cuenca del río Tehuantepec.

El clima del municipio es cálido subhúmedo con lluvias en verano.

Regiduría de Desarrollo cultural, Artesanal y Gastronómica 10.