Su cabecera es la localidad de San Pedro Huilotepec.
Su territorio es cubierto por el sistema de topoformas de la playa o barra inundable o salina, por la llanura costera salina, y por la llanura costera.
San Pedro Huilotepec pertenece a la región hidrológica de Tehuantepec.
Su superficie es relacionada con la subcuenca de la Laguna superior e inferior, que pertenece a la cuenca homónima; y a la subcuenca del río Bajo Tehuantepec, parte de la cuenca del río Tehuantepec.
El clima del municipio es cálido subhúmedo con lluvias en verano.