Su nombre es el diminutivo de Huimango, que a su vez deriva del vocablo náhuatl Uei-man-co, que significa "lugar del cacique principal" o "lugar de autoridades grandes".

El esplendor de esta cultura empezó su decadencia desde el 600 al 400 a. C. aproximadamente y ocupó gran parte del territorio mesoamericano, parte de lo que hoy conocemos como Veracruz y Tabasco principalmente.

Los centros ceremoniales conocidos son Tres Zapotes, San Lorenzo, el más antiguo y La Venta que es el principal.

Posteriormente los indios de estas provincias fueron dados en encomiendas a Teodora Manuel.

[10]​ El 25 de agosto de 1821, el capitán Juan Nepomuceno Fernández Mantecón llegó a Huimanguillo en donde se juró la independencia ese mismo día, y donde se le unieron muchos simpatizantes entre ellos Fernando Nicolás Maldonado y José María Jiménez Garrido.

En 1902 se integra el club antirreeleccionista Melchor Ocampo, fue el primer grupo organizado en Huimanguillo y que presagiaba el principio de la revolución en Tabasco.

La mesa directiva estaba integrada por el presidente Fernando Aguirre Colorado, vicepresidente Rubén del Valle, primer vocal Saúl del Valle y fue primer secretario Pedro C. Colorado, todos ellos pertenecientes también al grupo masónico de la localidad.

Durante los inicios de la lucha revolucionaria en Tabasco, muchos fueron los huimanguillenses que se alzaron en armas y se unieron al general Ignacio Gutiérrez en la lucha en contra del gobernador Abraham Bandala en 1910, entre ellos: Pedro C. Colorado, José Acuña Pardo, César Brito y N. Balcazar Santana.

En 1911, se realizó en Huimanguillo el primer "bautizo revolucionario" que hubo en la República, en la casa del doctor Adolfo S. Aguirre.

Posteriormente, en 1938, el arqueólogo Matthew Stirling realizó sensacionales descubrimientos en La Venta, principalmente las cabezas colosales, y levantó un plano de la zona.

Tiene límites administrativos con los siguientes municipios o accidentes geográficos, según su ubicación:[18]​ Por su extensión, este municipio presenta tres formas diferentes de relieve; en la parte occidental presenta suelos característicos de zonas costeras, que cubren el 2% de su superficie; la parte meridional presenta un relieve montañoso, que abarca el 11% del territorio.

Este tipo de clima se presenta en las zonas bajas y planas del municipio.

Otro tipo de vegetación importante son los popales, suelos bajos inundables, en donde se cultiva maíz, frijol y calabaza en diferentes épocas del año.

La actividad agrícola en el municipio está destinada a la producción de cítricos y granos básicos.

Esta actividad se ha incrementado en los últimos años, sobresaliendo la industria petrolera, en particular la perforación de pozos.

En el pueblo Martínez Gaytán funciona una planta deshidratadora de yuca, primera en su tipo en cuanto a tecnología en México y en el ámbito mundial.

La zona arqueológica de La Venta pertenece a la cultura Olmeca, cuya importancia reside principalmente en su antigüedad, ya que su pirámide principal, es considerada la más antigua de Mesoamérica, en el patrón y orientación tan regular de su extensa traza arquitectónica y en su función con un centro cívico – ceremonial y residencial.

Se pueden realizar actividades de ecoturismo como rapel y senderísmo entre otras.

Entre otras cascadas se encuentran las denominadas: Velo de Novia, Las Golondrinas y los Tucanes.

En las dos últimas, durante la primavera y el verano pueden admirarse multitud de bellas aves.

Su ocupación sé dio durante el período clásico tardío entre los años 700 a 900 d. C. La distribución de sus construcciones sigue un eje sur-norte aprovechando el relieve del terreno destaca el juego de pelota y varias estructuras que delimitan un patio hundido y a la plaza principal del conjunto.

En el municipio, existen varias estaciones ferroviarias como son: Francisco Rueda, Mosquitero, Zanapa, Villa Chontalpa y San Manuel.