Se encuentra localizado en el centro del estado, en la llamada Zona Maya y su cabecera es la ciudad de Felipe Carrillo Puerto (anteriormente conocida como Noj Kaaj Santa Cruz Xbalam Naj y Santa Cruz de Bravo).
Alrededor de este símbolo se asentaron los mayas, fundando Chan Santa Cruz -hoy Felipe Carrillo Puerto-.Chan Santa Cruz no pudo ser tomada por las tropas gubernamentales y desarrolló una economía que le permitió resistir comprando armas a los ingleses residentes en Belice.
Aunque los españoles llegaron a América en 1492 fue hasta 1511 por causa de una tormenta, que un grupo de ellos tocó tierra en el área maya, veinte náufragos entre ellos Gonzalo Guerrero, llegaron a las costas de Ecab en el norte de Quintana Roo, solo Gonzalo no sería rescatado más tarde por los españoles ya que se había casado con la hija del cacique Nachancan, con la que procreó varios hijos.
Se considera que este matrimonio dio origen al mestizaje en México.
Como la gran mayoría del territorio de Quintana Roo y la Península de Yucatán, el territorio de Felipe Carrillo Puerto es prácticamente plano, sin relieves notable y constituido por una planicie calcárea que no retiene las corrientes superficiales, por lo que la hidrografía está constituida únicamente por los cenotes, que son afloramientos superficiales de ríos subterráneos y que tuvieron una gran importancia para la cultura maya.
La vegetación del municipio está constituida por la selva tropical que lo cubre casi completamente, entre la principal fauna se encuentran el mono araña, jaguar, tucán, hocofaisán, venado cola blanca, iguana y cocodrilo.
Lo conforman un Presidente Municipal, un síndico y nueve regidores, seis electos por el principio de mayoría relativa y tres electos por el principio de representación proporcional.
Los alcaldes, delegados y subdelegados son electos mediante el voto libre, directo y secreto (sufragio efectivo) en elecciones celebradas en el año en que se instaló el Ayuntamiento, y son electos para el mismo periodo de tres años que éste, en estas elecciones locales no participan oficialmente los partidos políticos, sino que estos se presentan de manera independiente por medio de planillas.