[5] El municipio está ubicado en la llanura costera del Golfo, siendo terreno uniformemente plano.
El nombre Catazajá proviene del idioma maya y se interpreta como «Valle cubierto de agua».
Los recursos hidrológicos con que cuenta el municipio lo conforman básicamente, los ríos: Usumacinta, Tres Ríos, San Antonio y Chico; existen además varios arroyos de caudal permanente como: El Cárdenas, Cacahuasté, Ciego, Zapote, Jaboncillo, cuenta con varias lagunas como la Catazajá, Jabalí, Chachalacas, Pedernal, Agua Fría, San Juanito y La Herradura.
La fauna está integrada por una gran variedad de especies entre las que se destacan boa, coral, iguana de ribera, tortuga plana, cocodrilo, zopilote, armadillo y jabalí, entre otras.
El municipio está constituido geológicamente por terrenos cuaternarios y terciario mioceno, los suelos predominantes son acrisol y regosol, el uso es principalmente pecuario con selva correspondiendo la mayor parte a propiedad privada.