El glifo significa, lugar a la orilla del agua; el espacio cubierto de azul representa el agua, el espacio cubierto con color carne significa, los labios u orilla.

Los círculos blancos o chalchihuites, significa lo precioso, las aparentes hojas son los caracoles que lleva el agua.

La palabra entli "orilla", pierde también su terminación "tli" para unirse con la desinencia "co", quedando Atenco.

[5]​ Los ríos que desembocan en el municipio son: San Juan, que nace en Teotihuacán, cruza los municipios de Acolman y Tezoyuca, llega a Nexquipayac, formando una delta en el occidente de Atenco; otro río que desemboca en Atenco es el Xalapango que nace en San Miguel Tlaixpan y San Juan Tezontla, cruza Chiautla y antes de desembocar en el suroeste de Atenco se junta con el Coxcacoaco.

Estos ríos se han convertido en canales altamente contaminados por las industrias y por los propios pobladores que depositan en ellos grandes cantidades de basura.

[6]​ Es abundante, parte de ella es nativa, tiene usos medicinales, para alimentación y/o para ornato y se conserva gracias a la herencia de padres a hijos, entre la flora más representativa se encuentra: maíz, maguey, tuna, nopal, zapote, frijol, calabaza, quelite, cempasúchil, chayote, chilacayote, nochebuena, ejote, xoconoxtle, tomate, epazote, chile, en diversas variedades jaltomate, jitomate, verdolaga y girasol.

La flora nativa de tierra firme como lacustre está en riesgo de extinguirse ya sea por abandono del cultivo, por la desecación del lago o por la disminución del agua en los ríos y de los mantos acuíferos, entre la flora en riesgo se encuentra el tule, el carrizo, el chichicastle, el lirio acuático, el huizache, el ahuehuete, el tejocote, el capulín y el órgano.

Otro tipo de flora que existe en el municipio y que fue introducida por los españoles es: higo, cebada, avena, alfalfa, haba, bugambilia, eucalipto, fresno, sauce, granada y pera.

En el municipio están representados cuatro grupos de vertebrados; entre los anfibios se encuentran: los sapos, ranas y ajolotes; por otro lado entre los reptiles se encuentran: la culebra de agua, las lagartijas y la serpiente comúnmente llamada cincuate que es endémica del país y que está en peligro de extinción.

Las aves, son las que más representantes tienen, tanto domésticas como silvestres; entre las primeras están: las gallinas, gansos, guajolotes, gallos, pichón, paloma, patos y en las silvestres: zopilotes, tórtola, zenzontle, calandria, golondrinas, colibríes, cuervos, garzas, lechuzas, pato silvestre, chichicuilote que es endémico y se encuentra en peligro de extinción al igual que el águila.

[6]​ La mayor parte del municipio (toda la parte sur y occidental) se encuentra cubierta por suelos Zolanchak de diferentes subunidades, predominando los suelos Zolanchak Gleyco (del ruso sol: sal) y (Grey:pantano) esto es, son suelos salinos, propensos a acumular el salitre y se caracterizan además por tener un alto contenido de sales y su vegetación está formada por pastizales o por algunas plantas que toleran el exceso de sal; también en el municipio existen suelos vertisoles (del latín yerto – volterar): Suelo que se revuelve.

Se caracterizan por las grietas anchas y profundas que aparecen en ellos en la época de la sequía, son suelos pegajosos cuando están húmedos y muy duros, cuando están secos son salinos.

El tipo vertisol pélico es el que cubre Acuezcomac y Atenco, donde se practica la agricultura de temporal.

Se caracterizan por presentar en el subsuelo una capa que parece más suelo de roca ya que en ella se forman terrones, además pueden presentar acumulaciones de algunos materiales como arcilla, carbonato de calcio, fierro, manganeso, etc., pero sin que sea esta una acumulación muy abundante, estos suelos los encontraremos asociados en el suelo foezem (del griego Phaeo – pardo y del zuro semija – tierra) tierra parda, en los poblados de Nexquipayac y Santa Isabel Iztapan y son utilizadas en la agricultura de temporal.

Con la Revolución de 1910 se plantea la libertad municipal, quedó garantizada en la Constitución de 1917 al quedar abolidas las prefecturas políticas y al estipularse la libertad municipal en el artículo 115 constitucional.

[6]​ En 2001, el Gobierno Federal mexicano pretendió construir el nuevo Aeropuerto Internacional para la Ciudad de México en este municipio, pero los habitantes lo impidieron mediante un movimiento de resistencia civil que obligó al gobierno a suspender definitivamente la construcción.

Su construcción es de piedra y de tezontle, el retablo estípite del presbiterio es el original y esta bañado en oro, su fiesta patronal es el segundo lunes después del carnaval.

En el municipio no existen museos, pero existe la idea de crear uno que permita concentrar las piezas que se han encontrado en diferentes partes del municipio, por ejemplo los fósiles de mamut, que se han localizado en Santa Isabel Iztapan, un metate en Acuezcomac, una vasija de barro en Nexquipayac.

En Nexquipayac, el día 25 de julio, se celebra la fiesta religiosa en honor a San Cristóbal.

En la actualidad es posible admirar aquí vestigios arqueológicos de inestimable valor histórico, disfrutar del ambiente natural y conocer las historias extraordinarias que circulan en este sereno paraje.

Es en esta última fecha que el templo se engalana y se viste de alegre colorido, por los impresionantes arreglos florales que se instalan al interior; afuera, el ambiente es propicio para que las y los visitantes disfruten de bailes tradicionales, antojitos típicos, pirotecnia y números musicales, todo en sana convivencia.

Esto es por su antigua y larga existencia asentado en las riberas del Lago de Texcoco, así como por los diversos acontecimientos históricos que han sucedido a lo largo de los siglos en esta región.

, Atenco fue uno de los pueblos aliados al Señorío de Texcoco, junto con otras aldeas aledañas a la zona, lo que hacía a este reino dominar en su mayoría toda la amplitud y extensión del gran lago del mismo nombre.

Zapotlán: La actividad básica es la agropecuaria, el comercio formal e informal, así como la maquila en talleres familiares.

Además, sus productores han incursionado en el cultivo de hortalizas por la cercanía del municipio con importantes zonas urbanas.