Posteriormente a la conquista quedó inscrito en la jurisdicción de Texcoco.
Sin embargo, el desarrollo social fue mínimo, pues en la zona oriente del Valle donde se encuentra, fue frecuente el crecimiento poblacional desmedido y urbano desorganizado, las invasiones de tierra y los asentamientos irregulares.
Pronto la agricultura desapareció al no poder generar el ingreso suficiente para los habitantes y llevó a la mayoría de los habitantes a trabajar en otras zonas del área metropolitana.
Los ejidatarios y la población a quienes serían expropiados sus terrenos - es decir, se los compraría el gobierno federal a 70 centavos de dólar el metro cuadrado[4]- se opusieron al proyecto y pronto iniciaron un movimiento de resistencia civil, que degeneró en violentos enfrentamientos entre los habitantes y las fuerzas policiacas, represión armada, censura oficial, así como encarcelamientos cuestionados por la prensa, la sociedad civil y organizaciones nacionales e internacionales de lucha a favor de los derechos humanos.
Finalmente el gobierno federal se vio obligado a cancelar el proyecto, pero el movimiento de los habitantes de Atenco permaneció activo, siguiendo su lucha por nuevos objetivos, convirtiéndose en la práctica durante un tiempo en un municipio autónomo que se gobernaba a sí mismo y simpatizando con la lucha del Ejército Zapatista de Liberación Nacional.