Volvió a ganar en las elecciones de 1963, en las que Arturo Illia resultó elegido presidente, volviendo a ser derrocado por el golpe militar de 1966, encabezado por el General Juan Carlos Onganía.

En 1970 el propio Onganía le propuso asumir como interventor de Neuquén, cargo que aceptó ejerciéndolo hasta 1972.

Restablecida la democracia en 1983 nuevamente triunfó en las elecciones para gobernador, cuando Raúl Alfonsín lo hizo en las de presidente.

Adicionalmente, Felipe Sapag fue designado como interventor por el gobierno dictatorial de carácter militar autotitulado Revolución Argentina entre 1970 y 1972.

En 2023, perdió las elecciones para el cargo de gobernador, lo que cual fue su primera derrota desde su fundación.