Especial importancia adquirirá el APRI, la agrupación precursora del MNR en la Facultad de Ciencias Médicas.

En esas condiciones el MNR estableció una sólida alianza con el grupo radical progresista de Franja Morada.

Algunos de los dirigentes universitarios del MNR de los años 1960 y 1970 fueron: Héctor Cavallero, Marcos Rosa, Ernesto Jaimovich, Miguel Godoy, Blanco, Ángel García, Gustavo Galland, Juan Carlos Zabalza, Oscar Bebán, Rubén Giustiniani, Hermes Binner, María del Cármen Viñas, Francisco Morea, etc.

A partir de 1978 el MNR impulsará junto a las demás organizaciones estudiantiles presentes entonces (radicales, peronistas, comunistas y maoístas) una amplia acción contra la Ley Universitaria 21.276 sancionada por el régimen militar y contraria al programa de la reforma universitaria.

Desde el año 2011 al 2019, el MNR condujo la Federación Universitaria Marplatense (FUM) con la presidencia de la Agrupación CAUCES.

En las votaciones de 2015, en la Universidad Nacional del Litoral, quedó como segunda fuerza política y con amplio crecimiento.