Durante la primera guerra carlista en el siglo XIX el edificio quedó destruido y fue reedificada en menores proporciones en 1842.
En 1891, sobre los terrenos que en su día ocupó el Monasterio , la Reina María Cristina edificó el Palacio de Miramar para lo que se trasladó la iglesia de San Sebastián a su situación actual.
Las niñas ingresaban en el convento hacia los 4 años con la finalidad de que fueran educadas en el catolicismo y en las labores propias de su sexo, para acabar siendo casada.
[7] En 1888 la Reina María Cristina compró los terrenos del promontorio donde construiría en 1893 el Palacio de Miramar para sus estancias veraniegas.
[8] La iglesia de San Sebastián trasladó su actividad a un nuevo edificio en su actual emplazamiento en 1889, dejando libre el terreno sobre el que está edificado el Palacio de Miramar.