[1] En el siglo XVII la ermita pasó a ser gestionada por las monjas del Monasterio San Bartolomé y pasó a llamarse ermita de San Bartolomé.
En 1220 el islote situado en la bahía donostiarra fue visitado por Francisco de Asís y por Clara Scifi que posteriormente se convertiría en Santa Clara de Asís y daría nombre a la isla.
Otra zona de la isla sirvió como cementerio para los afectados por peste bubónica en el siglo XVI y más tarde, como camposanto de los herejes que morían en tierra firme.
Sacerdotes y acólitos acudían a la celebración de la santa misa que allí y aquel día solía rezarse; y cuentan las crónicas que desde el momento en que salían del puerto las lanchas en que unos y otros iban embarcados, hasta el momento en que llegaban a la isla, las campanas de San Bartolomé repicaban de lo lindo.
[5] No es difícil conjeturar la animación y algarabía que en aquella romería pondrían los donostiarras de aquella remota época de los siglos XV, XVI y XVII[6] Aún a finales del siglo XVIII, según testimonio del doctor Camino, pedían observarse vestigios de dicha ermita, que las guerras de fines de aquel siglo y del siguiente, así como la construcción del faro actual en 1864, acabaron por borrar.