Forma parte de la Tebaida leonesa, una zona montañosa llena de monasterios e iglesias eremíticas desde el siglo VII, lugar escogido para el aislamiento que buscaban los monjes eremitas, como San Fructuoso y San Genadio.

No obstante, su importancia histórica llevó a que fuera declarado Monumento Nacional en 1931.

La descripción del entorno según palabras de San Valerio, que se pueden aplicar a hoy en día, es la siguiente:

Fue fundado hacia el año 635[2]​ por San Fructuoso con la ayuda de su joven discípulo y albañil Baldario.

[4]​ A principios del 896 ya habían conseguido realizar una primera restauración que les permitió instalarse.

Podría ser Ordoño II, cuando reinaba solo en Galicia, o Alfonso III) dona al monasterio el Valle del Oza; el pueblo de Morales del Rey, en Zamora (posteriormente se estableció en este pueblo un priorato); objetos litúrgicos y libros.

Aun estando tan lejos, San Genadio continuó trabajando fervientemente por la restauración del monasterio.

El obispo de Astorga admite la crítica situación, que apenas permite sustentarse a los monjes temiéndose su desaparición.

Aun así, hay continuas referencias y quejas en los documentos del monasterio a la grave situación económica que solo se supera tras la construcción de las ferrerías de Linares y Pombriego en el siglo XVIII, aumentando considerablemente las rentas.

En vez de construir una nueva iglesia, como sucede en otros monasterios, se amplía la medieval, construyéndose un nuevo imafronte barroco en la fachada occidental y ampliando, en un primer momento, la sacristía, que posteriormente sería rehecha totalmente, siendo una de las mejores piezas del monasterio.

En general todo el monasterio fue, en mayor o menor medida reformado y mejorado, según las convenciones arquitectónicas de la época.

Posteriormente la desamortización de Mendizabal en 1835 supuso la exclaustración, haciéndose con gran parte de las propiedades y rentas del monasterio la familia Valdés, encabezada por Antonio Agapito Valdés Barrio, político, prestamista y rentista[10]​ En 1846 (o en 1842 según otras fuentes) un incendio acabó con casi todo el monasterio, dejándolo en un estado de ruina similar al que se puede contemplar hoy en día.

En 1859, el párroco Juan Silvestre Merayo (exmonje) construye la casa rectoral sobre la portería, camarín y sacristía.

También se procedió a derribar la casa rectoral edificada en el siglo XIX sobre dos de sus tres ábsides.

Por lo demás, tras consolidar muros y ruinas se procedió a una limpieza de urgencia de la iglesia y a una cata arqueológica que descubrió varios enterramientos del siglo XI.