Está formado por la comunidad de monjes que continúan la tradición iniciada por el eremita Millán.

A la altura de la cuarta columna, las naves quiebran en sentido noroeste, siguiendo la fachada rupestre.

Para Lampérez (1907:251), las bóvedas nervadas son obra del siglo XII-XIII, en su situación las originales de cañón o aristas, pero la lectura de paramentos (Caballero y otros, 2002; e íd.

San Millán ha sido considerado durante muchos años como «Cuna del Castellano», ya que en el Escritorio de San Millán se escribieron las Glosas Emilianenses, unos de los documentos más antiguos en los que aparecen textos del romance navarro-aragonés en su variedad riojana según algunos estudiosos —y del castellano con rasgos riojanos, según otros— además de contener los primeros textos no epigráficos en vascuence.

Dos son los lugares identificados por la Unesco dentro del Patrimonio Mundial: Y al servicio de estos monjes distinguimos dos edificios.

El segundo, Yuso, construido posteriormente, se sitúa más abajo y es de mayores dimensiones.

El edificio de abajo, Yuso, está habitado por frailes agustinos recoletos.

Los monasterios son en la actualidad independientes, por lo que es necesario tramitar por separado las visitas.

El acceso al monasterio está restringido y no se puede acceder con vehículo privado.