Según los relatos tradicionales, en el siglo IV temprano Santa Nina, una mujer evangelista acreditada por haber convertido al rey Mirian III de Iberia al cristianismo, habría erigido en esta ubicación una gran cruz de madera en el sitio que antes ocupaba un templo pagano.

[2]​ La importancia del complejo de Jvari aumentó con el tiempo y atrajo a muchos peregrinos.

Durante el período soviético, la iglesia se conservó como monumento nacional, pero el acceso se vio dificultado por las fuertes medidas de seguridad causadas por la existencia de una base militar cercana.

Sin embargo, a lo largo de los siglos los edificios sufrieron daños por la lluvia, la erosión del viento y por un mantenimiento inadecuado.

La erosión está deteriorando el monasterio, ya que sus bloques de piedra están siendo degradados por el viento y la lluvia ácida.