El conjunto está rodeado de árboles y vegetación, un paisaje propio del Alto Tajo.

[2]​ Tampoco hay una fecha segura para determinar su desaparición o abandono, ni las causas.

Al poco tiempo Berenguela lo cedió a su hijo el infante Alfonso, señor consorte de Molina y Mesa.

Sancha Gómez fue la fundadora del nuevo monasterio al que dotó en grande con tierras, casas y privilegios.

En estas casas permanecieron hasta 1455, pero su regreso a Buenafuente solo duró unos años pues en 1477 fueron expulsadas de nuevo.

[5]​ Durante unos años el monasterio fue ocupado por las tropas francesas que ocasionaron bastantes destrozos.

En los años 70 del siglo XX quedaban pocas monjas y de edad avanzada sin apenas recursos económicos.

El edificio se mostraba ruinoso, sin cristales en las ventanas y la supervivencia se hacía difícil por lo que decidieron vender el monasterio y marcharse a otros lugares.

Pero la situación dio un giro substancial gracias a la ayuda y entusiasmo del nuevo capellán Ángel Moreno Sancho que animó a las monjas a resistir comenzando para ellas una vida nueva y activa, siempre desde el mismo punto de vista de religiosidad que las cistercienses habían llevado desde siglos.

Ángel Moreno supo conseguir ayudas económicas y poniendo en práctica sus ideas se fue organizando todo un complejo que comprendía el ámbito del monasterio y las casas de alrededor, casi todas deshabitadas hasta la fecha.

En 1980 se creó la Fundación Buenafuente del Sistal cuya presidenta fue Jimena Menéndez Pidal y Goyri.

Así quedó el edificio que se contempla, excepto algunos cambios más del siglo XVI y XVII.

A la nave le corresponde un ábside que en este caso es de planta cuadrada.

En el muro occidental, continúa manando la venerada "buena fuente" (8), actualmente dentro de una profunda hornacina.

[9]​ La iglesia fue realizada en sillar bien escuadrado y tallado, presentando una orientación 43° NE.

Los otros días más celebrados son: Semana Santa, Pentecostés, Corpus y Adviento.