Nahavandián fue educado en la escuela Yafarí, por entonces la más prestigiosa de la Asociación de Enseñanzas Islámicas[4] La instrucción secundaria la recibió en la escuela Alaví , frecuentada por las élites conservadoras chiitas, y a continuación realizó estudios religiosos islámicos con ulemas como Allamé Nurí, Mortezá Motahharí y Mohammad Taqí Shushtarí.
Tras el paréntesis revolucionario, Nahavandián retomó los estudios en 1985, desplazándose para ello a los Estados Unidos de América con su esposa e hijos, hasta doctorarse en la Universidad George Washington y regresar a Irán en 1993.
Cuando Nahavandián abandonó los estudios para dedicarse al activismo subversivo, se unió a grupos de izquierda religiosa que constituyeron los grupos armados Saf y Al-Qareé, con los que Nahavandián practicó la lucha armada y que más adelante se fundirían en la Organización de los Muyahidines de la Revolución Islámica.
Ante nuevas dificultades de entendimiento con sus superiores, Nahavandián se traslada a Qom para proseguir sus estudios islámicos.
En 1985, Mohammad Nahavandián se trasladó a Washington D. C. junto con su esposa e hijos para retomar sus estudios de Economía.
Allí, fundó un Centro de Investigación e Información Islámicas[5] que estableció vínculos con cuarenta centros islámicos estadounidenses, organizando sesiones mensuales rotatorias en los distintos estados para discutir «asuntos culturales y educativos».