[10] Por ejemplo, Louis Pasteur y sus discípulos estaban interesados en el problema de la distribución microbiana tanto en la tierra como en el océano.[11] Martinus Beijerinck inventó el cultivo de enriquecimiento, un método fundamental para estudiar los microbios del medio ambiente.[13] Sin embargo, Beijerinck y Windogradsky se centraron en la fisiología de los microorganismos, no en el hábitat microbiano ni en sus interacciones ecológicas.La ecología microbiana moderna fue lanzada por Robert Hungate y colaboradores, quienes investigaron el ecosistema del rumen.Los microbios, especialmente las bacterias, a menudo se involucran en relaciones simbióticas (ya sea positivas o negativas) con otros microorganismos u organismos más grandes.Aunque físicamente pequeñas, las relaciones simbióticas entre los microbios son significativas en los procesos eucariotas y su evolución.El organismo fermentador de etanol proporciona a la arquea asociada el H2, que este metanógeno necesita para crecer y producir metano.[18][24] Se ha planteado la hipótesis de que la sintrofia desempeña un papel importante en entornos limitados en energía y nutrientes, como el subsuelo profundo, donde puede ayudar a la comunidad microbiana con diversas propiedades funcionales a sobrevivir, crecer y producir la máxima cantidad de energía.[18] En consecuencia, los dos organismos están en una relación mutualista que les permite crecer y prosperar en un entorno mortal para cualquiera de las dos especies.[24] El comensalismo es muy común en el mundo microbiano y literalmente significa "comer de la misma mesa".[31] Cuando coexiste en un entorno, Pseudomonas taetrolens muestra un crecimiento inhibido y una producción reducida de ácido lactobiónico (su principal producto), muy probablemente debido a los subproductos creados por Lactobacillus casei durante su producción de ácido láctico.[32] Sin embargo, Lactobacillus casei no muestra diferencias en su comportamiento, por lo que esta relación puede definirse como amensalismo.La biotecnología se puede utilizar junto con la ecología microbiana para abordar una serie de desafíos ambientales y económicos.Los flujos en las comunidades microbianas deben caracterizarse mejor para que el potencial de este campo se realice.En 2016, la revista Microbiome publicó una colección de varios trabajos que estudian la ecología microbiana del entorno construido.
La gran anomalía del recuento de platos.
Los recuentos de células obtenidas mediante cultivo son órdenes de magnitud más bajas que las que se observan directamente al microscopio. Esto se debe a que los microbiólogos pueden cultivar solo una minoría de microbios naturales utilizando las técnicas de laboratorio actuales, dependiendo del medio ambiente.
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