Esta pigmentación no es permanente y puede ser eliminada con un profilaxis sencilla o limpieza profesional.
[cita requerida] A una concentración del 2 % se utiliza ampliamente en endodoncia.
[cita requerida] Además, la clorhexidina se utiliza como antiséptico de preferencia en cirugías.
En altas concentraciones tiene efecto bactericida, debido a que penetra dentro de las células microbianas y causa desnaturalización de las proteínas citoplasmáticas con la consecuente muerte celular.
[cita requerida] La clorhexidina requiere protegerse de la luz, pues es inestable y se inactiva.